菜花耳的治療比較困難，而且不宜達到較好的效果。菜花手術需待炎症完全消逝，病情穩定後進行，一般至少須經半年左右。手術是要在皮膚與軟骨間剝離形成皮瓣，顯露增厚的纖維組織與變形的軟骨，適當削薄，並松解展平或雕刻塑形，使其符合原有的解剖形態。因皮瓣剝離範圍不能太大，以免因血運障礙而發生壞死，故常要分數次手術才能完成。關於菜花軟骨壞死較多而皮膚相對鬆弛者，可用自體肋軟骨移植構成耳支架來修復。如皮膚亦相對不足者，可根據菜花情況採納耳廓再造術。